Հայերի ներկայությունը Կրետե կղզում հաշվվում է բյուզանդական ժամանակներից : Հայտնի է, որ 10-րդ դարում Փոքր Ասիայում գոյություն ունեին երկու հայկական զինվորական բնակավայրեր Պրիինում եվ Պլատանիում: Երբ Նիկիֆորոս Ֆոկան ազատագրեց կղզին, շատ հայ զինվորներ իրենց ընտանիքներով հաստատվեցին այնտեղ, այդպիսով ձեռք բերելով նոր հայրենիք: Այդ մասին են վկայում բնակավայրերին տրված հետևյալ անվանումները. օրինակ` «Արմենի» անունով գյուղեր կան Ապոկորոնում, Ռեթիմնոյում, Սիտիայում, «Արմենյանա» անվանումով` Ամարիում, Արմենոխորյոч` Կիսսամոյում, «Արմանոյյա»` Մոնոֆատսիում, ինչպես նաև որոշ տեղանվանումներ, որոնք են` Արմենոկամբոս», «Արմենոկաստելլի» և «Արմենոպետրա»:

Դեռևս 14-րդ դարի սկզբից Կրետե կղզին ուներ առևտրական հարաբերություններ Հայաստանի հետ, ինչի մասին վկայում են Գենետիկայի Սենատի որոշումները, որտեղ նշվում է, որ Վենետիկի առևտրական շարժակազմը Հայաստանից վերադառնալիս անցնում էր Կրետե կղզով:

Նիկոլայոս Թոմադակիի վկայությամբ, Կրետե կղզում հայերի վերաբնակեցման հիմնական պատճառները երկուսն էին: Դրանք նշված են ինչպես 1363թ. փաստաթղթերում, որտեղ առկա է Վենետիկի որոշումը հայերին Հայաստանից եվ Պոնտոսից ընդունելու մասին, այնպես էլ Իրակլիոնի արխիվի 1670 - 1715թ. փաստաթղթերում, այն է Կրետեի մայրաքաղաքում բնակվում էին հայեր: Խանդակի (Իրակլիոնի հին անվանումը) հանձնման ժամանակ մայրաքաղաքի հունական եվ եվրոպական բնակչությունը հետևում է վենետիկցիներին, այսպիսով թուրքերը հեշտությամբ գրավում են կղզին: Թուրքական տիրապետության ժամանակ Կրետե են ներգաղթել հայեր նաև Կոստանդնուպոլսից, Դիվրիկից և Երևանից: Կան նաև վկայությություններ այն մասին, որ 1905թ. արդեն կային յոթ հայկական ընտանիքներ, որոնք զբաղվում էին սուրճի և գործվածքի առևտրով:

Հայերի` Իրակլիոնում բնակության հիմնական պատճառը հայկական Սուրբ Կարապետ եկեղեցու գոյությունն էր: Փոքր Ասիայի կործանումից հետո Կրետե կղզում ապաստան գտան 2000 հայեր, որոնք ծագում էին Զմյուռնիայից, Մագնիսիայից, Այվալիից, Օդեմիսիոյից, Պերգամոյից, Պրուսայից և Կեսարիայից: Հայ ընտանիքներից 230-ը բնակություն հաստատեց Իրակլիոնում, 46-ը Ռեթիմնոյում, 24-ը Սիտիայում, 27-ը Խանիայում: Իրակլիոնի հայկական եկեղեցում կազմվեց ծխական խորհուրդ, մարզական ընկերություն, գործում էր դպրոց երկու հայ և մեկ հույն ուսուցիչներով, մանկապարտեզ, գրադարան:

Դպրոցում, որը գործում էր մինչև 1946թ., ուսանում էին 200 աշակերտներ, սակայն նրանց թիվը կրճատվեց Սովետական Հայաստան հայրենադարձվելու պատճառով:

«Արմենիս» բառը որպես ազգանուն հաճախ ենք հանդիպում Կրետե կղզում: Պատմագետ Անդրեաս Կորնարոսը վկայում է այն մասին, որ Նիկիֆորոս Ֆոկայի ժամանակ հայ ընտանիքներ են հաստատվել Կրետե կղզում Կոստանդնուպոլսից, և որ հենց նրա ժամանակաշրջանում էլ առաջին անգամ լսվում է «Արմենիս» ազգանունը: Նույն ժամանակաշրջանում հայերի ներկայության մասին են վկայում նաև Խանիայի շրջանում հայտնաբերված հայերեն գրությամբ չորս գերեզմանաքարերը, որոնք տեղադրված են սուրբ Ղուկաս եկեղեցու մուտքի մոտ գտնվող գերեզմանատանը: Գերեզմանաքարերը տարիների ընթացքում մեծ վնասներ են կրել: Այդ իսկ պատճառով եկեղեցու վերականգման ժամանակ դրանք տեղափոխվեցին Խանիայի Հնագիտական թանգարան: Չորս գերեզմանաքարի վրա էլ գրված է նույն արտահայտությունը. «Սա մահարձան - գերեզմանաքար է»:

Իրակլիոնի հայկական եկեղեցին համարվում է ամենահին եկեղեցին, որը փրկվել է Եվրոպայում: 1669թ., երբ Խանդակը վենետիկցիներից անցավ թուրքերին, մի թուրք նպարավաճառ Ամրո անունով, որի մ այրը հայուհի էր, գնում է եկեղեցին թուրքերից, այսպիսով եկեղեցին շարունակեց պահպանվել որպես հայկական եկեղեցի:

Տարբեր աղբյուրներ նշում են, որ թուրքական տիրապետության տակ անցկացված ավելի քան 200 տարիների ընթացքում հայկական Սբ. Կարապետ եկեղեցին և հունական Սբ. Մաթևոս եկեղեցին Սինայում, միակ գործող եկեղեցիներն էին:

Եկեղեցու նախամուտքի տարածքում տեղադրված է մի հուշաքար, որտեղ ամեն տարի, ապրիլի 24-ին կատարվում է հոգեհանգստի արարողություն Մեծ Եղեռնի զոհերի հիշատակին:

Համաձայն եկեղեցու մուտքի գլխին տեղադրված մակագրության, այն կառուցվել է 1669թ., որն էլ փաստում է եկեղեցու ամենահին լինելը: Եկեղեցու բակում կան հայերեն տառերով, սպիտակ մարմարից պատրաստված ավելի քան 30 գերեզմանաքարեր, որոնք պատկանում էին 17-րդ դարի սկզբին գաղթած հայ ընտանիքներին: Նշենք նաև, որ եկեղեցուց ոչ շատ հեռու` քաղաքի արևմտյան մասում` «վենետիկյան պատից» դուրս, գտնվում է հայկական գերեզմանոցը` մոտ 4 հազար քառ.մ տարածութամբ, որը տրվել է հայերին դեռ վաղուց: